La France a fait le choix de la concertation et de la contractualisation pour gérer les sites Natura 2000. Un comité de pilotage (COPIL) a été instauré pour réunir tous les acteurs locaux de chaque site.
Le Comité de Pilotage et le Document d'Objectifs
Le comité, présidé par un élu local regroupe l'ensemble des acteurs concernés par le site Natura 2000 : services publics, collectivités, propriétaires, associations, agriculteurs, usagers, scientifiques...
Il met en oeuvre le Document d'Objectifs (DOCOB) du site, après l'accord du préfet. Ce document, après avoir identifié les enjeux de conservation du site, fixe les objectifs et définit les mesures qui peuvent contribuer à la préservation des espèces et habitats ayant justifié la création du site.
Le comité de pilotage choisit une structure porteuse (collectivité territoriale ou groupement de collectivités) qui est chargée de la réalisation du Document d'Objectifs et du suivi de sa mise en oeuvre. Celle-ci passe par une participation active des acteurs locaux à travers différents outils contractuels de gestion :
- les Contrats Natura 2000
- les Mesures Agro-Environnementales
- la Charte Natura 2000