Deux types de contrats Natura 2000 sont à distinguer.
D’une part, les contrats Natura 2000 forestiers auxquels peut adhérer toute personne disposant de droits réels ou personnels sur des surfaces incluses dans le site et qualifiées de « forêts » ou d’ « espaces boisés »
Une personne exerçant par ailleurs une activité agricole peut donc, pour certaines de ses parcelles, souscrire à un contrat Natura 2000 forestier.
D’autre part, sont proposés les contrats Natura 2000 non agricoles-non forestiers. En règle générale, ne peuvent y souscrire que les personnes ayant des surfaces sur le site qui ne sont pas référencées comme surfaces agricoles.
Le principe général des contrats Natura 2000 est de compléter le dispositif MAET en proposant à un large panel d’acteurs des investissements ou actions de gestion à visée non productive qui répondent aux objectifs de préservation ou de restauration des espèces d’intérêt communautaire et de leurs habitats, tels qu’ils sont définis dans le DOCOB.
Ces investissements ou actions supposent des efforts supplémentaires de la part des signataires en implication, temps et argent. Des contreparties financières seront donc versées provenant, pour moitié, de l’Union Européenne et, pour la moitié restante, de fonds nationaux provenant du Ministère en charge de l’environnement et, éventuellement, de compléments apportés par les collectivités territoriales.
Les Contrats Natura 2000 sont déjà définis à l’échelle nationale. Cependant, les cahiers des charges proposés laissent la place à beaucoup d’adaptations locales qui sont à définir par la concertation et à inscrire dans le DOCOB.